Arkitektur til avanceret data-udveksling og analyse af DNA genomen-data
Codellent
Kategori
Oversigt
Millioner DNA-genomen i NGC's platform
gigabite dalige forespørgsler på genomen-data
skalerbar arkitektur til at håndtere data udvekslingerne
Udfordring
Formålet med at distribuere genomdata udspringer af den nationale strategi for ”Personlig Medicin”, der har til mål at kunne tilpasse patient-behandling baseret på information om den enkeltes genetiske profil. For at understøtte og realisere denne strategi skal store mængder komplekse genomdata behandles hurtigt – uden at gå på kompromis med kvaliteten.
NGC havde derfor behov for hjælp til at skalere behandlingen af hele genomprøver, hurtigt, uden at kompromittere kvalitet, governance eller databeskyttelse.
Løsning
Codellent hjalp NGC med at designe og implementere en system-arkitektur for de sekventerede genom-data, der understøtter data-udveksling og data-udstilling til bioinformatikerne. Dette omfattede også håndteringen og kvalitetssikringen af de modtagne genomsamples, inden de sendes tilbage til klinikkerne og lagres i en genom-database.
Den implementerede løsninger bestod derfor af:
Design og implementering af arkitektur, herunder back-end udvikling af Sequence Quality System (SQS), data-styring, CI/CD-pipelines og sikkerheds gateway
Udvikling af en avanceret data-model til håndtering af lagring, arkivering og forespørgsler af genom-data
Notifikations funktionalitet til deling af status på DNA-analyser internt i NGC og med de danske regioner
Resultatet
Projektet leverede en skalerbar arkitektur og operationel rygrad, der standardiserer indtag, kvalitetskontrol og overlevering af genomsamples mellem nationale laboratorier, HPC og klinikker.
Platformen er i fuld overensstemmelse med Danmarks strategi for personlig medicin. Samtidig gør arkitekturen det muligt at udnytte NGC’s super computer.
På programniveau understøtter arkitekturen landsdækkende forsknings innovation, der gør det muligt at udføre bedre og mere præcis patient diagnostik, såvel som mere effektiv data anvendelse på tværs af sundhedssektoren. Vi er stolte af, at Codellents leverance har bidraget at gøre dette muligt.